警戒部队：指挥官为第一驱逐舰战队司令大森仙太郎海军少将，编有“阿武隅”号轻巡洋舰和“谷风”号、“浦风”号、“滨风”号、“矶风”号、“不知火”号、“霞”号、“霰”号、“阳炎”号和“秋云”号九艘驱逐舰，负责为空袭部队和补给部队提供警戒。
南云忠一日本海军大将
支援部队：指挥官为第三战队司令三川军一海军中将，编有“比睿”号、“雾岛”号两艘战列舰和“利根”号、“筑摩”号两艘重巡洋舰，负责为空袭部队提供支援，主要是对付美军的大型水面军舰。
巡逻部队：指挥官为第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐，由“伊19”号、“伊21”号和“伊23”号三艘潜艇组成，在编队航线前方航行，担负侦察警戒。
中途岛破袭部队：指挥官为第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐，由“『潮』”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成，任务是炮击中途岛牵制美军。
补给部队：由“极地”丸、“极东”丸、“健洋”丸、“国洋”丸、“神国”丸、“东邦”丸、“东荣”丸和“日本”丸等七艘油船组成，负责为编队进行海上加油。
先遣编队指挥官为第六舰队司令清水光美海军中将
第一潜艇部队：指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将，下辖“伊9”号、“伊15”号、“伊17”号、和“伊25”号四艘潜艇，在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
第二潜艇部队：指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将，下辖“伊1”号、“伊2”号、“伊3”号、“伊4”号、“伊5”号、“伊6”号和“伊7”号七艘潜艇，在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。特战狙击手641
第三潜艇部队：指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将，下辖“伊8”号、“伊68”号、“伊69”号、“伊70”号、“伊71”号、“伊72”号、“伊73”号、“伊74”号、“伊75”号九艘潜艇，在瓦胡岛以南海域展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
特别攻击部队：指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐，
下辖“伊16”号、“伊18”号、“伊20”号、“伊22”号和“伊24”号五艘潜艇，各携带一艘袖珍潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由袖珍潜艇自行潜入港内，必须在第一攻击波开始后才能乘『乱』从水下发『射』鱼雷进行攻击。
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